วัตถุดิบกลุ่มปรุงรส มีผลโดยตรงต่อการทำให้เกิดรสชาติต่างๆ ในขนม การเลือกวัตถุดิบที่ให้ รสชาติในกลุ่มธรรมชาติจะช่วยให้ประโยชน์ที่ดีกับขนมสุขภาพ ได้แก่ น้ำตาลโตนด มีค่าดัชนีน้ำตาลต่ำ ทำให้ผู้ป่วยเบาหวานสามารถทานได้โดยไม่เป็นอันตรายต่อการเพิ่มระดับน้ำตาลในเลือด , การใช้สารให้ความหวานแทนน้ำตาลช่วยลดการบริโภคน้ำตาลของผู้ที่ต้องการลดความอ้วน หรือผู้ป่วยเบาหวานได้
ส่วนผสมพิเศษ ช่วยเพิ่มความน่าสนใจและจุดขายของขนมสุขภาพ ทั้งยังช่วยเพิ่มคุณประโยชน์บางอย่างให้กับกลุ่มลูกค้าให้พอใจในขนมสุขภาพยิ่งขึ้นได้ ได้แก่ โปรตีนจากพืช เป็นที่สนใจและต้องการในกลุ่มคนที่รักสุขภาพผู้หญิงและรับประทานเจ แคลเซียมเป็นที่ต้องการในกลุ่มเด็กและผู้สูงอายุ